Paco Stanley fue asesinado la mañana del lunes 7 de junio de 1999 afuera de un restaurante ubicado al sur de la Ciudad de México, poco después de haber terminado la transmisión de su programa Una tras otra.
A raíz de su asesinato, se plantearon diversas hipótesis, entre ellas que el conductor tenía nexos con el narcotráfico, ya que el día de su asesinato se encontró en su ropa una bolsa con contenido que se identificó como cocaína, según afirmaciones de la Procuraduría General de Justicia del Distrito Federal (PGJDF), sin embargo, esto fue desmentido por sus familiares.