En diciembre de 2000 secuestraron y asesinaron a su papá. Un año después, en 2001, Anabel Hernández, publicó una amplia investigación sobre el costoso mobiliario y accesorios del hogar que contenía la Residencia Oficial de Los Pinos, que se conoció como el “toallagate", por la que ganó el Premio Nacional de Periodismo en 2002.
Después, dedicó cinco años a investigar a Los señores del narco, como se titula el libro en el que relata de forma en que los cárteles de la droga se involucraron con los poderes económico, político y militar.

En 2010 se vendieron 100 mil ejemplares de su obra, lo que le valió graves amenazas, por lo que desde entonces tiene que contar con protección policíaca permanente, la cual no siempre es eficaz, pues su familia y su casa han sido atacadas dos veces, incluso, algunas de sus fuentes han sido amenazadas, encarceladas, asesinadas.
En la publicación también se habla del vínculo de los grupos empresariales con el narco en México.Tras el lanzamiento de este libro, la periodista tuvo que pedir asilo en otros países debido a las diversas amenazas de muerte que recibió.