2013 tampoco fue su mejor año, pues enfrentó una trombosis que le afectó las vías respiratorias, por lo cual se quedó sin voz por un tiempo. Dos años después entró al quirófano para que le fueran retiradas tres hernias ventrales.
Después de su concierto del adiós tuvo una lesión en la columna vertebral debido a los muchos años de montar a caballo. En febrero de 2021 reapareció junto a su hijo Alejandro y su nieto Alex con una notoria inflamación; su hijo Vicente Fernández Jr. explicó que ese aspecto se debía a la cortisona que el cantante debía tomar desde que le extirparon el tumor del hígado.
En julio pasado, se dio a conocer que el cantante fue hospitalizado debido a que presentó síntomas como fiebre, dolor corporal y malestares estomacales que no habían podido controlar y que en un inicio fueron relacionados con covid-19, sin embargo, solo se trató de una infección en las vías urinarias.
En entrevista, su hijo Gerardo Fernández afirmó que el charro estaba bien de salud y descartó que padeciera coronavirus. "Está todo bien, nada más vino a una revisión de una infección de vías urinarias. No sé cuándo vaya a salir, pero está bien", dijo afuera del hospital.
"Queridos amigos, a todo el público quiero decirle que dejen de preocuparse, fue una infección urinaria y ya me encuentro bien. Gracias a todos los amigos de la prensa que siempre me han tratado muy bien, que Dios los bendiga", expresó en el video tras salir del hospital.