En 2005 se ordenó su aprehensión por el delito de genocidio
Por los hechos del 10 de junio un juez federal desechó la acusación al considerar que los delitos habían prescrito. Un año después, el quinto tribunal unitario penal confirmó esa resolución, y aunque en 2006 se intentó llevar el caso a la Suprema Corte de Justicia de la Nación, tres de cinco ministros se negaron a investigarlo.

Sin embargo, en 2005 no corrió la misma suerte con la acusación derivada de la matanza en Tlatelolco. El magistrado federal José Ángel Mattar Oliva ordenó su aprehensión por su probable responsabilidad en el delito de genocidio.
Sin embargo, por su avanzada edad se le dictó arresto domiciliario que se extendió hasta el 26 de marzo de 2009, fecha en la que un tribunal colegiado lo exoneró en última instancia luego de una larga batalla judicial en la que Echeverría ganó un amparo en 2007 y en la que en dos ocasiones la Suprema Corte de Justicia de la Nación rechazó atraer el proceso penal.
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Luis Echeverría Álvarez pasó los últimos años de su vida en su residencia de la calle Magnolia en San Jerónimo Lídice, en la Ciudad de México. Sus más recientes apariciones públicas fueron el 7 de febrero de 2010, cuando acudió a los funerales de Luis Colosio Fernández, padre de Luis Donaldo Colosio, en Magdalena de Kino, Sonora.
